Nonostante l'aspro ambiente desertico, alcuni animali vivono nella Patagonia. Alcuni si trovano nelle zone periferiche, nei pressi della costa, con temperature più tollerabili e varietà di micro-clima, spesso caratterizzate dalla persistenza di vegetazione.In Patagonia, come in altri "santuari" della natura, la fauna e la flora originarie sono in pericolo. La caccia indiscrimata prima e l' introduzione di specie alloctone, anche se spesso apparentemente innocue, ha provocato l' alterazione di diversi habitat naturali: Conigli, lepri europee, cinghiali e persino castori e visoni hanno provocato gravi squilibri alla fauna ed alla flora locale minacciata a sua volta dall' introduzione di svariate specie straniere.
I salmonidi importati e che pure costituiscono una grande attrattiva turistica hanno soppiantato i pesci originari, ma il problema maggiore deriva dall' allevamento ovino tra i piú sviluppati al mondo che provoca l' impoverimento e l' erosione della steppa patagonica con il rischio di tramutarla definitivamente in un vero e proprio deserto.
Oltre al Condor e all' Aguila Mora non specifici della sola Patagonia, uccelli esclusivi di questa terra sono il Flamenco (Fenicottero Australe) la Martineta (simile alla nostra pernice) il Tero Tero, il Cigno dal collo nero ed altre varietá locali di acquatici. La lista comprenderebbe qualche decina ancora di volatili e mammiferi, ma soprassiediamo ricordando solo che in Patagonia contrariamente ad analoghe zone di Wilderness scarseggiano gli animali pericolosi per l'uomo.
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